Las fundaciones y consorcios vinculados al ISCIII son los siguientes:

Fundación Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas

  Fundación Centro Nacional de Investigaciones Cardiovasculares 

  Fundación Centro Nacional de Investigación en Enfermedades Neurológicas

  Consorcio Centro de Investigación Biomédica en Red

  Consorcio Centro de Investigación Biomédica en Red para el área temática de Enfermedades neurodegenerativas

  Redes Temáticas de Investigación Cooperativa en Salud

  Support Platforms for Research in Health Sciences and Technologies

  Grupo de Investigación Centro Mixto UCM-ISIII de Evolución y Comportamiento Humanos