El Real Decreto 355/2018, de 6 de junio, por el que se reestructuran los departamentos ministeriales dispone en su artículo 18 que corresponde al Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades, la propuesta y ejecución de la política del Gobierno en materia de Universidades, investigación científica, desarrollo tecnológico e innovación en todos los sectores.
El Instituto de Salud Carlos III O.A., M.P. (ISCIII) se adscribe orgánica y funcionalmente al Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades, a través de la Secretaría General de Coordinación de Política Científica.
No obstante, el ISCIII está sujeto a una doble dependencia funcional de los Ministerios de Sanidad, Consumo y Bienestar Social y el Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades, en la esfera de sus respectivas competencias.
En particular, depende funcionalmente del Ministerio de Sanidad, Consumo y Bienestar Social para la realización de aquellas actividades que desarrolle en materia de salud, de planificación y asistencia sanitaria y, en coordinación con el Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades, de aquellas otras de investigación aplicada cuando tengan traslación al Sistema Nacional de Salud.
La dependencia funcional del Instituto de Salud Carlos III respecto de los Ministerios de Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades y de Sanidad, Consumo y Bienestar Social se articula a través de la Comisión Mixta de Coordinación creada por el Real Decreto 1589/2012, de 23 de noviembre.